Facturation électronique professionnels de santé

La réforme de la facturation électronique va progressivement transformer la manière dont les entreprises échangent leurs factures en France. Les professionnels de santé exerçant en libéral, médecins, infirmiers, kinésithérapeutes, dentistes, psychologues ou encore sages-femmes sont également concernés lorsqu’ils réalisent des prestations facturées à des clients professionnels ou à certaines structures.

Pour les cabinets libéraux, cette réforme représente aussi une opportunité de simplifier la gestion administrative, sécuriser les flux de facturation et automatiser certaines tâches comptables.

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CECCA, expert-comptable des professionnels de santé

Le cabinet CECCA accompagne depuis de nombreuses années des professions libérales de santé dans la gestion de leur activité et de leurs obligations comptables.

La gestion administrative d’un cabinet libéral possède des spécificités propres : suivi des honoraires, gestion des recettes, déclarations fiscales en BNC, intégration des outils métiers ou encore traitement des flux liés au tiers payant.

L’arrivée de la facturation électronique nécessite donc d’adapter l’organisation administrative tout en conservant des outils simples et compatibles avec les logiciels utilisés au quotidien dans les cabinets.

La conformité aux nouvelles obligations réglementaires

Nous assurons la mise en conformité de votre cabinet avec l’ensemble des évolutions légales, notamment la facturation électronique, les obligations fiscales en BNC et les exigences de transmission des données. Notre rôle est d’anticiper les changements réglementaires et de sécuriser vos pratiques pour éviter tout risque d’erreur ou de sanction.

L’intégration avec vos outils de gestion

Nous veillons à ce que les solutions mises en place s’intègrent parfaitement avec vos logiciels métiers. L’objectif est d’éviter les doubles saisies, de fluidifier les échanges de données et de garantir une continuité dans vos habitudes de travail.

La simplification de votre organisation comptable

Nous structurons votre organisation administrative pour la rendre plus simple, plus lisible et moins chronophage. Grâce à des processus optimisés et des outils adaptés, vous gagnez du temps au quotidien et pouvez vous concentrer pleinement sur votre activité de soin.

La réforme de la facturation électronique : ce que doivent savoir les professionnels de santé

La réforme introduit un nouveau principe : les factures échangées entre entreprises doivent désormais contenir des données structurées permettant leur traitement automatique par les plateformes et par l’administration fiscale.

Une facture électronique ne correspond donc plus simplement à un PDF envoyé par e-mail. Il s’agit d’un fichier structuré capable d’être intégré directement dans les logiciels comptables et de gestion.

Les formats de facturation électronique

La réforme prévoit plusieurs formats normalisés permettant la transmission des données :

Factur-X, le format le plus utilisé en France, qui combine un PDF lisible et des données structurées intégrées.
CII (Cross Industry Invoice), basé sur un format XML facilitant les échanges entre systèmes informatiques.
UBL (Universal Business Language), également basé sur XML et utilisé dans de nombreux échanges de facturation électronique.

Ces formats permettent aux plateformes et aux logiciels de comptabilité de traiter automatiquement les données de facturation.

Le calendrier de la réforme

La mise en place de la facturation électronique se fera progressivement :

1er septembre 2026 : toutes les entreprises devront être en mesure de recevoir des factures électroniques de leurs fournisseurs.
1er septembre 2027 : les TPE et les professions libérales devront également émettre leurs factures électroniques pour leurs clients professionnels.

E-Invoicing et E-Reporting

La réforme de la facturation électronique repose sur deux mécanismes principaux : l’e-invoicing et l’e-reporting. Selon la nature de l’opération et le type de client, les entreprises devront appliquer l’un ou l’autre de ces dispositifs afin de transmettre les données de facturation à l’administration fiscale.

Ce qui change pour votre cabinet

Avec la réforme, l’envoi de factures par simple e-mail ne sera plus suffisant pour les échanges entre professionnels.

Les factures devront être transmises via une plateforme de dématérialisation agréée, appelée PA (Plateforme Agréée). Vous pouvez consulter la liste officielle des plateformes agréées.

Cette plateforme aura plusieurs fonctions :

transmettre la facture à votre client professionnel
envoyer les données nécessaires à l’administration fiscale
suivre le statut de la facture

Pour les professionnels de santé, cette organisation peut apporter plusieurs bénéfices.

Une meilleure visibilité sur vos flux de facturation

Les plateformes permettent de suivre le statut d’une facture et de savoir précisément quand elle a été reçue par votre client.

Une gestion administrative simplifiée

Les données de facturation peuvent être intégrées automatiquement dans votre comptabilité, ce qui limite les ressaisies.

Une réduction des erreurs déclaratives

Les plateformes contrôlent certaines mentions obligatoires et facilitent la gestion de la TVA lorsque celle-ci s’applique.

Comment le cabinet CECCA vous accompagne

La transition vers la facturation électronique nécessite souvent d’adapter l’organisation administrative et les outils utilisés dans votre cabinet.

Chez CECCA, nous analysons votre fonctionnement actuel afin de mettre en place une solution adaptée à votre activité.

1 L’analyse de votre organisation administrative

Nous étudions vos pratiques actuelles afin d’identifier les axes d’optimisation et d’adaptation.

2 Le choix d’une solution de facturation compatible avec la réforme

Nous vous orientons vers des outils conformes, adaptés à votre activité et à vos contraintes métier.

3 L’automatisation des flux comptables

Nous mettons en place des processus automatisés pour fiabiliser et accélérer le traitement de vos données.

4 La simplification du suivi de votre activité

Nous vous donnons une vision claire et en temps réel de votre activité pour faciliter vos décisions.

Nous veillons à ce que la solution retenue s’intègre naturellement à votre environnement de travail et aux outils utilisés dans votre cabinet.

Préparez votre cabinet à la facturation électronique avec CECCA

Le cabinet d’expertise comptable CECCA accompagne les professionnels de santé dans l’adaptation de leurs pratiques administratives et dans l’intégration de la facturation électronique.

Notre objectif est de vous permettre d’adopter ces nouvelles obligations sans alourdir la gestion quotidienne de votre cabinet. En structurant votre organisation et en connectant vos outils à votre comptabilité, cette évolution devient une opportunité pour gagner du temps et sécuriser la gestion de votre activité.

Comptabilité en temps réel

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Les professions de la santé que nous accompagnons :

En tant qu’expert-comptable pour professions libérales, nous mettons notre expertise au service des acteurs du secteur de la santé. Conscients des enjeux spécifiques à votre activité, nous vous accompagnons au quotidien dans la gestion, l’optimisation et le développement de votre cabinet, afin que vous puissiez vous concentrer pleinement sur votre activité.

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CECCA accompagne mes différentes entreprises depuis près de 7 ans. Nous avons réussi à nous développer grâce à CECCA et à leur accompagnement toujours impeccable ! J'ai la maitrise de mes entreprises et reçois toujours une oreille attentive dès que j'ai des questions.

Frédéric Goujon

CEO

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Nous avons travaillé avec le cabinet Cecca sur l'aspect social. Sabrina était totalement présentent et disponibles pour répondre à nos interrogations et nous assister dans les étapes administratives, l'intégration de nos salariés s'est parfaitement déroulée.

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Notre collaboration avec Jonathan Saada et l'équipe Cecca a débuté lorsque nous avons eu besoin de revoir notre structure comptable et fiscale pour notre expansion. Depuis, ils nous ont accompagnés dans la gestion quotidienne de nos finances, y compris lors de situations délicates telles que des contrôles fiscaux, en nous fournissant un soutien inébranlable et des conseils judicieux...

Nos autres services pour les professionnels de la santé

Gestion de patrimoine

DAF externalisé

Optimisation fiscale

Facturation électronique

Cession d'entreprise

Création d'entreprise

Vos questions sur la facturation électronique pour les professionnels de santé

La réforme de la facturation électronique concerne l’ensemble des entreprises et des professions libérales établies en France et assujetties à la TVA.

Les professionnels de santé exerçant en libéral peuvent être concernés lorsqu’ils réalisent des prestations facturées à des structures professionnelles (cliniques, centres de soins, laboratoires, organismes ou sociétés).

Dans ces situations, les factures devront être transmises via une plateforme de dématérialisation agréée conformément au calendrier de la réforme.

La majorité des actes médicaux réalisés pour des patients particuliers ne relèvent pas directement de la facturation électronique entre entreprises.

En revanche, certaines informations liées à ces transactions peuvent devoir être transmises à l’administration fiscale via le dispositif d’e-reporting, selon la situation fiscale du cabinet.

Ce mécanisme permet à l’administration de recevoir les données relatives aux opérations qui ne relèvent pas de l’e-invoicing classique.

De nombreuses activités médicales bénéficient d’une exonération de TVA.

Dans ces situations, les obligations de facturation électronique peuvent être différentes.

Cependant, certaines opérations annexes (expertises, formations, prestations spécifiques ou collaborations entre structures) peuvent entrer dans le champ de la réforme.

Il est donc important d’analyser votre situation afin de déterminer les obligations applicables à votre cabinet.

De nombreux logiciels utilisés dans les cabinets médicaux évoluent actuellement pour intégrer les exigences de la facturation électronique.

Votre outil devra être capable :

de générer des factures conformes aux formats réglementaires
de communiquer avec une plateforme de dématérialisation agréée
de transmettre automatiquement certaines données à l’administration fiscale

Dans la plupart des cas, il ne s’agit pas forcément de changer de logiciel, mais plutôt de mettre à jour ou connecter votre solution actuelle.

Les plateformes de dématérialisation agréées (PA) jouent un rôle central dans la réforme.

Elles permettent :

d’envoyer les factures à vos clients professionnels
de transmettre les données à l’administration fiscale
de suivre le statut des factures

Le choix de la plateforme dépend notamment :

de votre organisation administrative
des logiciels utilisés dans votre cabinet
du volume de facturation

Un accompagnement permet généralement de sélectionner une solution simple et compatible avec vos outils actuels.

La réforme implique principalement un changement dans le mode de transmission des factures.

Dans la pratique, les professionnels de santé continueront à établir leurs factures comme aujourd’hui, mais celles-ci seront ensuite transmises via une plateforme de dématérialisation.

Avec les bons outils, cette évolution peut même permettre de :

simplifier la gestion administrative
automatiser certaines tâches comptables
réduire les ressaisies de données

Au-delà de l’obligation réglementaire, la facturation électronique peut améliorer l’organisation administrative d’un cabinet.

Elle permet notamment :

une intégration automatique des factures en comptabilité
une meilleure traçabilité des transactions
une réduction des erreurs de saisie
un gain de temps dans la gestion administrative

Pour les professionnels de santé qui gèrent eux-mêmes une partie de leur administratif, ces automatisations peuvent représenter un gain de temps significatif.

Le calendrier de la réforme prévoit une mise en place progressive.

À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront être capables de recevoir des factures électroniques.

À partir du 1er septembre 2027, les TPE et professions libérales devront également émettre leurs factures électroniques pour leurs clients professionnels.

Il est donc conseillé d’anticiper cette transition afin d’identifier les outils compatibles et d’adapter progressivement votre organisation.

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