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La facturation électronique deviendra obligatoire pour toutes les entreprises dès 2026.

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Facturation électronique e-commerce

Facturation électronique e-commerce

La réforme de la facturation électronique va transformer les obligations des entreprises e-commerce assujetties à la TVA. Cette évolution ne se limite pas à un changement de format : elle modifie la manière dont vos factures B2B, vos avoirs, vos flux marketplace et certaines données de vente seront échangés et transmis.

À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront être capables de recevoir des factures électroniques via une plateforme agrée (PA). L’obligation d’émission s’appliquera dès cette date aux grandes entreprises et ETI, puis aux PME et micro-entreprises à compter du 1er septembre 2027.

Cecca, en chiffres :

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CECCA, partenaire expert-comptable des acteurs du e-commerce

Le cabinet CECCA accompagne les entreprises du commerce digital : e-commerçants, DNVB, retailers omnicanaux, marchands B2B, vendeurs sur marketplaces et marques en croissance.

La facturation dans le e-commerce présente des spécificités bien connues : gestion de volumes élevés de transactions, traitement des avoirs et remboursements, suivi des encaissements, distinction entre ventes B2B et B2C, intégration des marketplaces, gestion des frais de port, des retours, des paiements fractionnés et des flux parfois internationaux.

L’arrivée de la facturation électronique ne consiste donc pas simplement à générer un PDF. Elle impose d’intégrer ces spécificités dans un circuit conforme à la réforme, capable de dialoguer avec vos outils de vente et votre environnement comptable.

Dans ce contexte, l’accompagnement de CECCA repose sur trois dimensions essentielles : la conformité réglementaire, l’interopérabilité avec vos outils e-commerce et l’automatisation de vos flux financiers.

La réforme de la facturation électronique : les points essentiels pour le e-commerce

La réforme introduit un nouveau mode d’échange des factures entre entreprises. Une facture électronique ne correspond plus à un simple PDF envoyé par e-mail : il s’agit d’un fichier structuré, lisible à la fois par les plateformes et par les logiciels comptables. L’objectif est de fluidifier les échanges, fiabiliser les données et faciliter le traitement comptable et fiscal.

Les formats de facture électronique

La réforme prévoit plusieurs formats normalisés, dont Factur-XCII et UBL.

Le format Factur-X associe un PDF lisible à des données structurées intégrées.

Les formats CII et UBL reposent sur des fichiers XML destinés à l’échange automatisé entre systèmes.

Le calendrier de déploiement

  • 1er septembre 2026 : toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être en capacité de recevoir des factures électroniques.
  • 1er septembre 2026 : les grandes entreprises et ETI devront être en capacité d’émettre des factures électroniques.
  • 1er septembre 2027 : les PME et micro-entreprises devront à leur tour émettre leurs factures électroniques.

E-invoicing et e-reporting

La réforme distingue deux obligations :

E-invoicing : il concerne les factures échangées entre entreprises assujetties à la TVA établies en France. Pour un e-commerçant, cela vise notamment les ventes B2B françaises.

E-reporting : il concerne les transactions qui ne relèvent pas de l’e-invoicing, notamment :

  • les ventes à des particuliers (B2C),
  • certaines ventes internationales.

Dans ce cas, les données de transaction devront être transmises à l’administration via votre PA.

Ce qui change concrètement pour votre entreprise e-commerce

Le changement majeur est la fin du simple PDF envoyé par e-mail pour les flux concernés par la réforme. Les factures devront transiter par une PA, qui se chargera de transmettre la facture au bon destinataire, d’envoyer les données à l’administration et d’assurer le suivi du statut.

Pour une entreprise e-commerce, une bonne préparation permet notamment :

  • Une gestion plus fluide des flux B2B : factures transmises dans un cadre conforme, traçable et automatisé.
  • Une meilleure intégration avec vos outils : CMS, ERP, PSP, marketplaces et comptabilité connectés sans ressaisie.
  • Un traitement fiable des avoirs et remboursements : gestion structurée des retours et annulations.
  • Une meilleure qualité de donnée : informations plus fiables pour la TVA et le pilotage financier.

Comment le cabinet d’expertise comptable CECCA vous accompagne

L’accompagnement CECCA débute par une analyse complète de votre chaîne de vente et de facturation : de la commande en ligne à l’encaissement, jusqu’au rapprochement comptable.

Notre objectif : sécuriser votre conformité tout en simplifiant votre organisation.

1 Audit de vos flux

Analyse de votre écosystème : site e-commerce, ERP, paiements, marketplaces, logistique et comptabilité.

2 Mise en conformité avec la réforme

Identification des flux concernés (e-invoicing / e-reporting) et structuration d’un dispositif conforme.

3 Connexion de vos outils

Mise en place d’un écosystème fluide entre votre boutique, votre outil de facturation, votre PDP et votre comptabilité.

4 Automatisation des traitements

Réduction des tâches manuelles : imports, rapprochements, suivi des encaissements et des remboursements.

5 Pilotage de votre performance

Mise en place d’indicateurs clés pour suivre votre activité et améliorer votre rentabilité.

Sécurisez votre transition vers la facturation électronique avec CECCA

Le cabinet d’expertise comptable CECCA accompagne les entreprises e-commerce dans la mise en place de la facturation électronique et l’adaptation de leurs processus administratifs et financiers.

Notre objectif : vous aider à intégrer cette réforme sans freiner votre croissance. En structurant vos flux de facturation et en connectant vos outils de vente à votre comptabilité, cette évolution devient une opportunité pour fiabiliser vos opérations, gagner du temps et améliorer votre pilotage.

Plateformes e-commerce

  • Shopify
  • WooCommerce
  • Prestashop

Encaissements

  • Stripe
  • Alma
  • PayPal

Comptabilité en temps réel

  • Pennylane
  • Qonto
  • Odoo

Gestion RH & Paie

  • PayFit
  • Alan
  • Swile

Ils nous ont fait confiance

Note 4,6/5. Basée sur + de 51 avis

Dinis Vinhas

Dirigeant

ALGO INDUSTRIE

Nous avons été épaulés lors d'un contrôle fiscal et contrôle URSSAF. Nous avons eu une aide très précieuse. Nous somme sur le point de faire une TUP et c'est le cabinet CECCA qui va s'en charger. Le fait que CECCA se charge des problèmes qui ne sont pas dans notre métier, social, juridique, etc, cela nous laisse tout le temps de nous consacrer au business

Aymar De Saint Pierre

Agent Général AXA Prévoyance et Patrimoine

AXA FRANCE - Assurance

Comptabilité BNC Avenant contrat de travail .

Gaudin

Services De SantéConseil & Services Aux Entreprises

Bellerophon

gestion comptabilité de ma société - Gestion payes - Conseil . comptabilité tenue impeccablement - Très grande réactivité dans la gestion des payes - Très bonne qualité et pertinence des conseils proposés.

Fabien Ribot

CEO

Car Marketing System - Automobile

Expertise comptable, conseils pour optimiser fiscalement, montage de business plans... Equipe très sympathique et compétente qui répond à l'ensemble des problématiques comptables, fiscales et RH. Le tout avec une grande réactivité. Heureux d'avoir pu trouver un cabinet aussi pro.

Vos questions sur la facturation électronique dans le e-commerce

Les ventes à des particuliers ne relèvent pas de l’e-invoicing, mais entrent dans le périmètre de l’e-reporting dès le 1er septembre 2027. Vous devrez transmettre périodiquement à l’administration les données de vos transactions B2C via votre opérateur agréé : montant, date et nature des opérations. Cette obligation s’applique que vous vendiez sur votre propre site, sur une marketplace ou via les deux canaux.


À partir du 1er septembre 2027, toute facture émise vers une entreprise assujettie à la TVA établie en France devra transiter par un opérateur agréé dans un format structuré. L’envoi d’un PDF par e-mail ne sera plus conforme. Cela suppose que votre tunnel de commande identifie les acheteurs professionnels, récupère leur SIREN et bascule automatiquement vers le circuit de facturation électronique.


Les avoirs font partie du cycle de facturation électronique au même titre que les factures initiales. Chaque avoir doit être rattaché à la facture d’origine, structuré dans un format conforme et transmis via votre opérateur agréé. Dans le e-commerce, un volume de retours mal géré risque de fausser votre chiffre d’affaires déclaré et votre TVA collectée. Ce cas doit être paramétré dans vos outils avant les échéances.


Quatre mentions deviennent structurantes : le SIREN du client professionnel, l’adresse de livraison si elle diffère de l’adresse de facturation, la nature de l’opération (biens, services ou les deux), et l’option de paiement de la TVA sur les débits si applicable. La qualité de ces données dépend de ce qui est collecté dans votre tunnel de vente. Une information manquante en amont se répercute sur l’ensemble de la chaîne fiscale.


Les CMS e-commerce génèrent des documents de commande, mais pas des factures au format structuré transmissibles via un opérateur agréé. La mise en conformité passe par une architecture connectée : votre CMS alimente un outil de facturation compatible, qui transmet les flux à votre opérateur agréé, lequel communique les données à la DGFiP et à votre comptabilité. L’enjeu est de rendre cette circulation automatique, sans ressaisie manuelle.


Les marketplaces interviennent selon trois modes : mise en relation simple, encaissement pour votre compte, ou auto-facturation (self-billing). Dans chaque cas, vous devez déterminer qui émet la facture, si la vente relève de l’e-invoicing ou de l’e-reporting, et comment les données s’intègrent dans votre circuit comptable. Une configuration incorrecte génère des écarts de TVA difficiles à corriger une fois les déclarations déposées.


Les solutions de paiement gèrent les encaissements et les remboursements, mais ne produisent pas des factures conformes à la réforme. Leurs relevés doivent être rapprochés des factures émises via votre outil de facturation et réconciliés avec votre déclaration de TVA. Sans cette articulation, vous exposez des écarts entre chiffre d’affaires réel, encaissements constatés et TVA déclarée une source fréquente d’erreurs lors des contrôles fiscaux.


La réforme impose une séparation nette dès la commande. Les ventes B2B vers des entreprises assujetties établies en France relèvent de l’e-invoicing, les ventes B2C vers des particuliers de l’e-reporting. Cette distinction doit être opérée dans votre tunnel de commande via une identification fiable du statut de l’acheteur (SIREN ou numéro de TVA intracommunautaire) avant toute émission de document.


Les ventes vers des clients étrangers ne relèvent pas de l’e-invoicing français, mais peuvent entrer dans le périmètre de l’e-reporting selon leur nature. Les règles varient selon que le client est établi dans l’Union européenne ou hors UE, qu’il est assujetti ou non, et selon le montant des ventes à distance. Une cartographie de vos flux internationaux est nécessaire pour identifier les obligations de reporting applicables à chaque situation.


Les plugins de facturation disponibles sur les CMS génèrent des PDF et automatisent certains processus, mais ne produisent pas de formats structurés conformes et ne transmettent pas les données via un opérateur agréé. Ils peuvent constituer une brique utile à condition d’être connectés à un outil compatible et à un opérateur agréé. La conformité repose sur la cohérence de l’ensemble de la chaîne, pas sur un seul composant.


Une refonte complète n’est pas nécessaire dans la grande majorité des cas. La mise en conformité consiste à conserver votre CMS, à y connecter un outil de facturation compatible, à relier cet outil à un opérateur agréé et à automatiser les flux vers votre comptabilité. Plus cette mise en place est anticipée avant septembre 2026, plus vous disposez de temps pour tester chaque connexion sans pression sur les échéances.


Un outil adapté doit répondre à quatre exigences : être compatible avec les formats structurés de la réforme (Factur-X en priorité), être connecté à un opérateur agréé référencé sur impots.gouv.fr, s’intégrer avec votre CMS, vos marketplaces et vos solutions de paiement, et gérer les volumes élevés ainsi que les cas particuliers (avoirs, remboursements, ventes multi-canaux). Le bon outil s’insère dans votre écosystème existant sans créer de couche supplémentaire à gérer manuellement.

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